醫院的污水水質比較復雜，除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體，具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染等特征，不經有效處理會成為一條疫病擴散的重要途徑和嚴重污染環境，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。

醫院各部門的功能、設施和人員組成情況不同，產生污水的主要部門和設施有：診療室、化驗室、病房、洗衣房、X光照像洗印、動物房、同位素治療診斷、手術室等排水。醫院行政管理和醫務人員排放的生活污水，食堂、單身宿舍、家屬宿舍排水。因此醫院污水較一般生活污水排放情況復雜。

醫療污水處理設備主要處理手段是采用目前成熟的生化處理技術接觸氧化法，水質參數按一般醫院污水水質計算，進水BOD5按200mg/L計，共有五部分組成：厭氧池，接觸氧化池，沉淀池，消毒池、消毒裝置，污泥好氧消化池。具體流程如下：

污水流經格柵格去除較大顆粒懸浮物進入調節池，調節池可以調節廢水均質均量，通過液位計控制由污水提升泵打入水解池，利用厭氧微生物來對廢水中N、P、CODcr、BOD5等污染物進行降解。在池內有機物被兼氧菌降解，提高了廢水的可生化性，同時，在微生物的作用下，將有機氮和氨態氮轉化為N2和NxO氣體的過程。厭氧階段后進入好養階段，在好氧的微生物作用下，將廢水中NH4+轉化為NO2-和NO3-。在好氧微生物的氧化代謝作用，分解廢水中的有機污染物，從而降低其BOD5、CODcr、等污染物指標。好養段結束后，進入沉淀階段，污水主要進行泥水分離后進入潷水階段，同時進行紫外線的殺菌消毒，剩余污泥消化后由抽泥泵定期清理外運。